Le PRCM utilise une partie de ses fonds pour  appuyer des actions de conservation, de plaidoyer  ou de communication initiées par des organisations membres du Partenariat. Les actions financées ont été sélectionnées en fonction de leur impact sur la conservation de la biodiversité ou sur la bonne gouvernance des ressources marines et côtières. C’est dans ce cadre qu’a été lancée depuis 2013 une initiative dénommée « fonds d’appui aux organisations de la société civile» FAOSC. Il s’agit d’un fonds destiné en priorité aux organisations nationales membres du PRCM.

Les projets financés sont ceux présentant un impact concret sur l'amélioration du statut de conservation des espèces et des habitats de la zone côtière, ceux visant  la gestion durable  et  la gouvernance  des ressources marines et côtières avec des solutions pertinentes et innovantes,  ainsi que ceux mettant en avant les solutions naturelles et endogènes dans les stratégies des communautés pour la réduction des risques et l'adaptation au changement climatique.